巴拿马运河两端存在水位差的原因主要有以下几点：

引潮力的作用

引潮力是月球和太阳的万有引力与惯性力的合力，导致海水周期性地涨落。由于月球和太阳的位置不同，引潮力在地球上的分布也不均匀，造成不同地区潮汐类型和潮差的差异。巴拿马运河两端潮汐性质和潮差相差悬殊，导致运河两端的水位不一致。

海水温度和盐度的影响

海水的温度和盐度会影响其密度。不同海域的海水温度和盐度不同，导致密度差异，进而影响海平面高度。巴拿马运河两侧的海水温度和盐度不同，使得两侧的海平面高度存在差异。

洋流和风的应力

洋流和风的应力也会影响海平面的高度。例如，巴拿马运河东侧的洋流和北部的信风会推动海水向北流动，而西侧的洋流则会将海水推向巴拿马附近，这种作用也会导致运河两侧的水位差。

地球自转的偏向力（科氏力）

地球自转产生的科氏力也会影响水位的分布。科氏力会导致水流在运动过程中偏向一侧，从而影响运河两侧的水位高度。

综上所述，巴拿马运河两端的水位差主要是由于引潮力、海水温度和盐度、洋流和风的应力以及地球自转的偏向力等多种因素共同作用的结果。这些因素相互作用，导致运河两端的水位不一致，从而需要船闸来调节水位，以便船舶能够顺利通行。