在WinPE下运行`chkdsk`的步骤如下：

1. 启动WinPE系统并打开命令提示符（CMD）。

2. 输入`D:`进入系统盘符为D盘的Windows\System32目录。

3. 输入`chkdsk /f`命令并按回车键执行。`/f`参数表示修复磁盘错误。

4. 如果系统提示是否计划在下一次系统重启时执行检查，输入`Y`表示确认，然后重启电脑以完成磁盘检查。

请确保在进行磁盘检查之前备份重要数据，因为该过程可能会占用较长时间并可能导致系统暂时无法使用。